Wie vom römischen Historiker Plinos erwähnt, erhielt die Insel den antiken Namen „Lefki“ (weiß) wegen des Funkelns des weißen Kalksteins und Mergel im Sonnenlicht.
Der Name „Koufonisi“ bezieht sich auf die vielen Gruben und Höhlen, die das Meer und der Regen in das weiche Gestein gefressen haben.
Wie Ausgrabungen zeigen, florierte die Insel zu Zeiten der Römer. Ein Beweis dafür ist ein dort gefundenes Theater mit Platz für mehr als 1.000 Zuschauer. In der Antike war die Insel ein wichtiger Ort für die Schwammfischerei und die Verarbeitung von Purpur, dem bekannten roten Farbstoff, der von den Menschen der Antike und Byzantinern verwendet und aus den Purpurschnecken gewonnen wurde. Die Insel ist aufgrund ihrer Lage von strategischer Bedeutung und wurde sowohl von Itanos als auch Ierapetra beansprucht, letztendlich aber an Itanos gegeben.
Ausgrabungen im vergangenen Jahrhundert brachten erstaunliche Fundstücke zutage. Darunter befanden sich auch ein Steintheater, das südlichste antike Theater Europas mit Platz für 1.000 Zuschauer, und eine wichtige Siedlung, die in antiker Zeit geplündert und zerstört wurde. Außerdem wurde eine große Villa mit acht gut erhaltenen Zimmern sowie ein weiteres Haus in der Siedlung mit 16 Zimmern entdeckt. Der wichtigste Fund ist jedoch das römische Badehaus, das vom 1. bis zum 4. Jahrhundert n. Chr. genutzt wurde und luxuriös dekoriert war.
Sogar ein Tempel wurde im Süden der Insel gefunden, wurde aber nicht gewartet, nach Tausenden von Jahren schließlich 1920 zerstört und durch einen modernen Leuchtturm ersetzt. Einige Teile des Tempels, wie Teile des Götzenbilds, wurden in die Mauern des Leuchtturms eingebettet.
In frühen byzantinischen Zeiten diente die Insel als Eremitage für Mönche, die Bilder von Heiligen und Inschriften in Latein in den Höhlen an der Südküste eingravierten. Auf einer der Inschriften findet man die Jahreszahl 1638. Schließlich gibt es auf der Nordseite der Insel noch eine hübsche kleine Kirche, die dem heiligen Nikolaus gewidmet ist, dem Schutzpatron der Seeleute. Heute ist die Insel eine Zuflucht für Fischer während der starken Winde und Stürme des Libyschen Meers.
In den vergangenen Jahren wurde ihre ergiebige Geschichte und landschaftliche Vielfalt studiert und anerkannt. Dieses Wissen wird jetzt auch mit den Besuchern geteilt, die dazu angehalten sind, die wunderschönen Inseln zu respektieren und zu schützen.