Jak wspomniał rzymski historyk Plinos, starożytna nazwa "Lefki" (biały) została nadana ze względu na błysk białego wapienia i margla w słońcu.
Obecna nazwa "Koufonisi" związana jest z wieloma dołami i jaskiniami ukształtowanymi przez morze i deszcz w miękkich skałach.
Jak wykazały wykopaliska, wyspa przeżywała rozkwit w czasach rzymskich. Dowodem na to jest znajdujący się tam teatr na ponad 1000 miejsc. W czasach starożytnych był ważnym miejscem dla połowu gąbek i przetwarzania Dibromoindygo, znanego barwnika czerwonego używanego przez starożytnych i Bizantyjczyków, który był uzyskiwany ze ślimaka Murex Brandaris. Wyspa ma strategiczne znaczenie ze względu na jej położenie i rościły sobie do niej prawa zarówno gminy Itanos jak i Ierapetra, ale ostatecznie została przydzielona do Itanos.
Wykopaliska w ciągu ostatniego wieku dały zaskakujące wyniki. M.in. kamienny teatr, najbardziej na południe wysunięty starożytny teatr w Europie o pojemności 1000 miejsc i ważna osada, która została zrabowana i zniszczona w czasach starożytnych. Odkryto także dużą willę z ośmioma dobrze utrzymanymi pokojami, jak również inny dom w osadzie z 16 pokojami. Najważniejszym odkryciem jest jednak rzymska łaźnia publiczna, która była w użyciu od 1 do 4 wieku naszej ery i była urządzona luksusowo.
Na południu wyspy została odkryta świątynia, ale nie była pielęgnowana i po tysiącach lat istnienia uległa zniszczeniu w 1920 roku i zastąpiona nowoczesną latarnią. Niektóre części świątyni, takie jak części pomniku kultu, zostały osadzone w ścianach latarni.
We wczesnych czasach bizantyjskich, wyspa służyła jako pustelnia dla mnichów, którzy rzeźbili obrazy świętych i inskrypcje w języku łacińskim w jaskiniach na południowym wybrzeżu. Jeden z napisów wskazuje datę 1638. Wreszcie w północnej części wyspy znajduje się piękny kościółek poświęcony Świętemu Mikołajowi, który jest patronem żeglarzy. Dziś wyspa jest schronieniem dla rybaków podczas silnych wiatrów i burz na Morzu Libijskim.
W ostatnich latach jej bogata historia i różnorodne środowisko zostały zbadane i docenione. Ta wiedza jest teraz przekazywana odwiedzającym, którzy są zobowiązani do poszanowania i ochrony pięknych wysp.