Куфониси является важным пунктом на пути миграции десятков видов перелетных птиц, которые останавливаются здесь, чтобы найти пропитание и отдохнуть. Что касается гнездящихся птиц, здесь обитает широко распространенный вид степной чайки (Larus cacchinans), а также средиземноморский буревестник (Calonectris diomedea), буревестник левантский (Puffinus yelkouan), баклан хохлатый (phalacrocorax aristotelis desmarestii) и некоторые виды хищных птиц: курганник (Buteo rufinus), сапсан (Falco peregrinus) и сокол Элеоноры (Falco eleonorae).
Животный мир также включает стенную ящерицу Podarcis erhardi cretensis, которая греется в лучах солнца на поверхности белых камней, и тюленя-монаха (Monachus - monachus), который иногда появляется в пещерах в глубине моря.