Το Κουφονήσι, είναι πολύ σημαντικός τόπος ξεκούρασης και διατροφής για δεκάδες είδη μεταναστευτικών πουλιών. Από τα αναπαραγόμενα είδη, πέρα απο τον κοινό ασημόγλαρο (Larus cacchinans), ξεχωρίζουν τα θαλασσοπούλια, όπως ο αρτέμης (Calonectris diomedea), ο μύχος (Puffinus yelkouan) o θαλασσοκόρακας (phalacrocorax aristotelis desmarestii), άλλα αρπακτικά όπως η αετογερακίνα (Buteo rufinus), ο πετρίτης (Falco peregrinus) και ο μαυροπετρίτης (Falco eleonorae).
Από τα υπόλοιπα ζώα, η αιγαιοσαύρα (Podarcis erhardi cretensis) είναι αυτή που ξεχωρίζει και λιάζεται πάνω στα λευκά πετρώματα, ενώ η μεσογειακή φώκια (Monachus - monachus) κάνει σπάνια την εμφάνισή της στις θαλασσινές σπηλιές.