Spinalonga ha una superficie di 8,5 ettari e un'altitudine di 53 metri e si trova all'ingresso settentrionale della baia di Elounda. L'isola fu fortificata originariamente nell'antichità, molto probabilmente durante il periodo ellenistico (323-30 a.C.), con un grande recinto fortificato, al fine di proteggere l'ingresso al porto dell'antica città di Olous.
Olous e la zona circostante furono abbandonate nel VII secolo, a causa delle incursioni arabe nel Mediterraneo.
La città rimase abbandonata fino alla metà del XV secolo, quando i Veneziani sfruttarono la zona per raccogliere il sale dalle acque salate della baia. La zona acquistò così notevole valore come centro commerciale e fu nuovamente abitata.
L'antico nome dell'isola era Kalydon, ma dopo la sua occupazione da parte dei Veneziani fu chiamata Spinalonga, per via della sua forma.
Sulle rovine di un antico castello i Veneziani costruirono una fortezza, progettata da Genese Bressani e Latino Orsini secondo la pratica di fortificazione del sistema a bastioni.
Durante il periodo veneziano, la fortezza fu utilizzata per scopi militari; gli edifici all'interno della fortezza rispondevano alle esigenze della guarnigione.
Durante la guerra cretese (1645-1669), i rifugiati e i rivoluzionari (Hainides) si rifugiarono a Spinalonga e, stanziatisi sull'isola, conducevano azioni contro i turchi. Spinalonga, tuttavia, rimase in mano ai Veneziani fino al 1715, quando fu conquistata dai Turchi.
Durante i primi secoli del dominio turco, la fortezza cadde in disuso e fu utilizzata come luogo di esilio e isolamento. Tuttavia, alla fine del XIX secolo la situazione cambia. Il ruolo del porto di Spinalonga viene potenziato, in quanto abilitato all'esportazione. A metà del XIX secolo, l'isola ospita un gran numero di abitanti, la maggior parte mercanti e marinai i quali approfittando della sicurezza dell'insediamento fortificato, sfruttano le rotte commerciali del Mediterraneo orientale.
La vita di questo insediamento fu bruscamente interrotta dagli sviluppi politici che si verificarono a Creta negli ultimi anni del XIX secolo. L'insicurezza dei turchi a Creta, dovuta alle attività rivoluzionarie della popolazione cristiana, costrinse la maggior parte degli abitanti di Spinalonga a emigrare. A partire dal 1897, le forze militari francesi furono di stanza a Creta e per circa un anno a Spinalonga.
Nel 1903, tuttavia, lo Stato cretese decise di utilizzare l'isola abbandonata per crearvi un lebbrosario e per isolarvi i lebbrosi di Creta. Inizialmente vi furono trasferiti 250 malati. Tuttavia dopo il 1913, quando Creta fu unificata alla Grecia, cominciarono ad arrivare malati da altre parti della Grecia e dall'estero.
I malati vivevano negli edifici dell'insediamento turco e in quelli moderni costruiti negli anni Trenta. L'attività edilizia del lebbrosario portò a interventi drastici negli edifici dell'insediamento e nelle fortificazioni.
La vita difficile dei malati, che rimasero sull'isola fino ad allora, segnò il luogo e lo gravò emotivamente, rendendolo un luogo di martirio e di memoria storica.
Fortunatamente, con i progressi della medicina e l'uso di farmaci antibiotici, la malattia fu combattuta e il lebbrosario chiuse nel 1957.
Dopo il 1957, l'isola rimase inutilizzata per molti anni, fino agli anni '70, quando iniziarono i lavori di restauro, riparazione e migliorie delle mura veneziane, degli edifici e delle strade, che proseguono tutt'oggi.
Oggi la fortezza e la città di Spinalonga sono in ottime condizioni e l'isola viene visitata da migliaia di visitatori ogni anno ed è candidata per essere inclusa tra i siti del patrimonio mondiale dell'UNESCO.