Les plantes dominantes sont le cèdre, le genévrier, le lentisque, sous forme d'arbustes ou d’arbres, ainsi que la végétation ammophile. Les racines du cèdre ont une taille qui fait au moins fait le double. Mis à part leurs longues racines, ils ont également un grand nombre de racines très fines qui forment un réseau dense tenant le sable.
Chrissi possède une impressionnante forêt de cèdres unique en Europe. Elle s’étend sur 350 hectares et compte environ 14 arbres par hectare. L'âge moyen des arbres est de 200 à 300 ans et la forêt couvre environ un quart de l'île. Ces arbres sont une variété rare de cèdre du Liban. Leur taille peut atteindre jusqu'à 10 mètres de haut et le diamètre de leur tronc jusqu'à 1 mètre.
Par rapport à sa taille, Chrissi abrite un très grand nombre d'espèces végétales qui représentent un vingtième de la flore crétoise. Plus de 100 espèces y sont recensées. 13 sont endémiques de la Grèce, cinq d'entre elles sont endémiques de la Crète et l’une est endémique de Chrissi, ce qui signifie qu’elle n’existe nulle part ailleurs dans le monde. Il s’agit d’une variété de colchique appelée Colchicum Costurieri.