Κυριαρχεί ο κέδρος, το θαμνοκυπάρισσο, ο σχίνος, που υπάρχουν σε μορφή θάμνου και δένδρου και αμμόφιλη βλάστηση. Οι κέδροι, έχουν ριζικό σύστημα, που αναπτύσσεται σε ακτίνα τουλάχιστον διπλάσια από το ύψος τους. Εκτός από τις μεγάλες ρίζες τους, μια πολύ μεγάλη ποσότητα λεπτότατων ριζών διαμορφώνουν ένα πυκνό πλέγμα, που συγκρατεί την άμμο.
Η Χρυσή διαθέτει μοναδικό στην Ευρώπη καταπληκτικό κεδροδάσος, έκτασης 350 στρεμμάτων με μέσο όρο 14 δένδρα ανά στρέμμα και μέση ηλικία δένδρων 200-300 χρόνια, που καλύπτει περίπου το ¼ του νησιού. Τα δένδρα αυτά, είναι μια σπάνια ποικιλία από κέδρους του Λίβανου, φθάνουν στο ύψος μέχρι και 10μ., ενώ ο κορμός τους έχει διάμετρο μέχρι 1 μέτρο.
Ο αριθμός των φυτικών ειδών της Χρυσής, είναι πολύ μεγάλος σε σχέση με την έκτασή της και αντιστοιχεί στο 1/20 της Κρητικής χλωρίδας. Έχουν καταγραφεί πάνω από 100 είδη φυτών. Τα 13 είναι ενδημικά της Ελλάδας, από τα οποία 5 είναι ενδημικά της Κρήτης και ένα, είναι ενδημικό της Χρυσής, που απαντάται από ολόκληρο τον κόσμο, μόνο στο νησί. Αυτό είναι ένα είδος κολχικού, το Colchicum Costurieri.